A história acontece ao redor de um Naruto mais velho e um pouco mais maduro e sua jornada para salvar seu amigo Uchiha Sasuke das garras do Ninja Orochimaru. Após dois anos e meio, Naruto finalmente retorna para a Vila de Konoha, e começa a por suas ambições em prática, contudo não será tão fácil, já que ele conquistou alguns inimigos poderosos, como a organização ninja, Akatsuki.