Apesar da derrota de Quinella – o pontifex da Igreja Axiom – as coisas ainda não pareciam se acalmar. Ao entrar em contato com o mundo real, Kazuto “Kirito” Kirigaya descobre que a Tartaruga Oceânica – um mega flutuador controlado por Rath – foi invadida. Devido a um repentino curto-circuito causado pelos invasores, a luz de flutuação de Kirito é danificada, deixando-o em coma. Sentindo-se insegura com as pessoas na Igreja Axioma, Alice leva o Kirito inconsciente de volta à sua cidade natal – Rulid Village, desconsiderando seu banimento devido a um crime não resolvido. Agora, Alice está vivendo uma vida comum e pacífica perto da vila, desejando que Kirito acorde.

No entanto, a tragédia ocorre quando Alice percebe que o Território das Trevas já começou a invadir o Império Humano. Reassumindo seu apelido anterior, Alice Synthesis Thirty, ela promete derrotar o Território das Trevas, a fim de defender o mundo que Kirito e Eugeo trabalharam tanto para proteger.