O décimo primeiro Anjo (Zeruel) consegue invadir os circuitos do computador central da NERV, Magi, reconfigura o sistema e ordena a autodestruição da base. Ritsuko, a filha da criadora do Magi, é obrigada a reconfigurar manualmente o computador para acabar com o Anjo “vírus” e salvar a central da NERV.